موسسه ایمونولوژی آلن روز چهارشنبه از یک پلتفرم تعاملی جدید برای نمایش سیستم ایمنی انسان، کاوشگر سیستم ایمنی انسان، رونمایی کرد.

اکسپلورر که با مشارکت Google ساخته شده است، مکانی مرکزی برای محققان و عموم است تا ابزارها، منابع و داده های تجزیه و تحلیل را پیدا کنند. این پلتفرم به مجموعه رو به رشد ابزارهای منابع مشابه در موسسه آلن، مانند Allen Cell Explorer و Allen Brain Map اضافه می کند.

همچنین این اولین بار است که موسسه آلن از خدمات ابری گوگل مانند Vertex AI برای ساخت چنین پلتفرمی استفاده می کند. تیم گوگل هر هفته با محققان این موسسه ملاقات می کند. پل مایر، مدیر توسعه نرم افزار، پایگاه داده و خط لوله در موسسه ایمونولوژی گفت: «آنها به تازگی عمیقاً متعهد به کار با افراد در مؤسسه آلن بوده اند.

با توسعه این پلت فرم، Meyer انتظار دارد که به طور گسترده توسط محققان ایمونولوژی در سراسر جهان که داده های خود را به پلت فرم اضافه می کنند، استفاده شود. این نوع سلول‌ها، مولکول‌ها و سایر جنبه‌های ایمنی را در افراد سالم و افراد مبتلا به بیماری‌هایی مانند کووید-۱۹ و سرطان بررسی می‌کند. در اینجا برخی از ویژگی های فعلی این پلتفرم آورده شده است:

• پروتکل‌هایی که نحوه جمع‌آوری داده‌های مولکولی و بالینی را در طول زمان در یک فرد توصیف می‌کنند.
• یک برنامه تجسم داده به نام TEA-seq که سه نوع داده را به طور همزمان از سلول های ایمنی جمع آوری می کند: پروتئین های سطح سلول، RNA داخل سلول، و اطلاعات “اپی ژنتیک” که نشان می دهد کدام ژن ها فعال هستند.
• یک ابزار تجسم داده های تعاملی که نشان می دهد چگونه تاخیر در پردازش نمونه بر سلول های ایمنی تاثیر می گذارد.
• روشی برای تجسم انواع مختلف داده برای بیماران در مقاطع زمانی مختلف، به نام PALMO (پلتفرمی برای تجزیه و تحلیل داده های چند اهمی طولی).

هدف این پلتفرم در نهایت کمک به ساده‌سازی فهرست‌نویسی، تجسم و تجزیه و تحلیل داده‌های جمع‌آوری‌شده در مطالعات سیستم ایمنی انسان است. هدف این موسسه ترویج علم باز، مشارکتی و چند رشته ای است.

برای مثال، محققان مؤسسه آلن درگیر مطالعه ای هستند که سیستم ایمنی را در بیماران مبتلا به کووید طولانی مدت بررسی می کند. محققان پروتئین‌های موجود در سطح سلول‌های ایمنی بیمار را در طول اولین عفونت و هفته‌های پس از آن فهرست‌بندی کردند. آنها اخیرا کیت های پروتئینی مرتبط با کووید درازمدت را کشف کردند که نشان می دهد برخی افراد مبتلا سطوح بالایی از التهاب دارند. این داده ها اخیرا در یک مطالعه پیش از چاپ منتشر شده و به زودی در پلتفرم جدید معرفی خواهند شد.

این مؤسسه همچنین متعهد به افزایش تنوع موضوعات انسانی است که در پلتفرم نمایش داده می شوند. در نهایت، کاربران ممکن است بتوانند مجموعه داده‌ها را با توجه به شرایط موجود افراد، شرایط اجتماعی یا سایر عوامل فیلتر کنند.

مایر گفت که یک تیم چند رشته ای متشکل از دانشمندان آزمایشگاهی و 10 توسعه دهنده نرم افزار پلتفرم جدید را در حدود سه سال ساخته اند. او گفت: “علم تیمی و تلاش‌های توسعه تیم، قدرت واقعی ما در موسسه ایمونولوژی آلن است.”