سه شرکت بیوتکنولوژی در سیاتل در حال پیوستن به نیروهای خود برای حمایت از توسعه نرم افزار تاشو پروتئین و طراحی دسترسی آزاد هستند.
این پروژه که OpenFold نام دارد، Cyrus Biotechnology، Outpace Bio و Arzeda را گرد هم می آورد، استارت آپ هایی که پروتئین های جدیدی را تولید می کنند که می تواند به عنوان دارو یا در کاربردهای صنعتی استفاده شود.
لوکاس نیوون، مدیرعامل Cyrus به brooztechnology گفت: «این منطقی نیست که همه ما یک کار را انجام دهیم. به خصوص اگر به هیچ شرکتی مزیت رقابتی ندهد.»
این سه شرکت توسط Prescient Design، یک شتاب دهنده در Genentech، و آزمایشگاه محمد القریشی، استادیار زیست شناسی سیستمی در دانشگاه کلمبیا، ملحق شده اند. نیوون گفت که این پروژه به صورت رایگان توسط خدمات وب آمازون پشتیبانی می شود و سایر شرکت ها و سازمان ها در حال بررسی پیوستن به آن هستند.
این کنسرسیوم AlphaFold، یک ابزار یادگیری ماشینی را که توسط DeepMind Alphabet توسعه داده شده است، تقویت می‌کند که نحوه تا شدن پروتئین‌ها به اشکال سه‌بعدی را پیش‌بینی می‌کند.
پروتئین ها بلوک های سازنده بدن و اساس درمان های متعدد هستند. استفاده از این نرم افزار نوید تسریع در توسعه داروها، آنزیم ها و بیومواد جدید را می دهد.
DeepMind نسخه عمومی ابزار خود را در جولای گذشته منتشر کرد و بسیاری از گروه‌های موسیقی از آن زمان پیشرفت کرده‌اند. القریشی و تیمش اخیراً نسخه ای به نام OpenFold را منتشر کردند که شامل مجموعه داده های به روز شده برای آموزش ساختارهای پروتئینی سه بعدی شناخته شده است. القریشی گفت که OpenFold حتی کمی برتر از آخرین نسخه باز AlphaFold DeepMind است. در توییت.
اکنون به‌روزرسانی OpenFold با داده‌های جدید، افزودن انواع مختلف عملکرد و بهبود ابزار آسان است. حوزه‌های خاص تمرکز ممکن است شامل طراحی آنتی‌بادی، پیش‌بینی مولکول‌های کوچک، و درک حرکت پروتئین و ترکیب‌های جایگزین باشد.
نیوون کنسرسیوم جدید را به لینوکس تشبیه می کند، پروژه ای متن باز که اجازه می دهد نرم افزار جدیدی ساخته شود. او انتظار دارد که برخی از ابزارهای جدید منبع باز باشند، در حالی که برخی دیگر متعلق به خودشان هستند.
تمرکز بر روی AlphaFold است، نه ابزار مشابهی که توسط موسسه طراحی پروتئین در دانشگاه واشنگتن ایجاد شده است، که Cyrus، Outpace و Arzeda را ایجاد کرده است.
نیوون گفت: «تا کنون، دقتی که تاکنون از AlphaFold می‌بینیم، بی‌نظیر است». با این حال، تیم او از نرم افزارهای دیگری که توسط IPD ایجاد شده است برای طراحی های خود استفاده می کند. و انتشار ابزار IPD DeepMind را بر آن داشت تا نسخه عمومی را همزمان منتشر کند.
هر دو ابزار با سرعت و دقت خود در پیش‌بینی فرم‌های پروتئینی جامعه علمی را متحیر کردند و زمستان سال گذشته جایزه معتبر سال را از مجله Science دریافت کردند.
DeepMind عضو این کنسرسیوم نیست، اما Isomorphic Labs، یک استارت آپ را برای استفاده از نرم افزار تشخیص مواد مخدر خود ایجاد کرده است.
OpenFold یک پروژه غیرانتفاعی از بنیاد نرم‌افزار مولکولی باز است و توسط آمازون به عنوان بخشی از برنامه حمایت مالی داده باز AWS پشتیبانی می‌شود، که همچنین میزبان OpenFreeEnergy و Open Forcefield در حمایت از تلاش‌های طراحی دارو است.